医学院为嘉兴学院的下属教学单位，前身是浙江省嘉兴卫生学校，至今具有60年办学历史。2000年6月省教育厅、省发展计划委员会批准组建嘉兴学院医学院并开始招收专科学生，2003年开始招收本科学生。学院除承担全日制本科生的培养外，还承担了嘉兴市医疗卫生人员的全科医学教育培训等任务，为社会培养了一大批医药专业技术人才。2009年，与泰山医学院合作，联合培养硕士研究生。作为一所新办本科院校，2012年11月，第一家接受了教育部临床医学专业认证专家组对临床医学专业认证的现场考察工作，并得到了教育部专家组的好评。
目前学院设有临床医学、护理学和药学三个本科专业，在校全日制学生共1630人（含学院）。设有医学基础一部、医学基础二部、临床一系、临床二系、临床三系、药学系、护理系和医学实验中心等8个教学组织。学院拥有一支教学经验丰富、科研能力较强、爱岗敬业的师资队伍，现有专任教师64人，其中教授、副教授29人，博士生导师1人，硕士生导师9人，博士19人，省“151人才”7人。此外还有外聘教师45人。药理学学科为浙江省重点学科，基础医学为校级B类重点建设学科，有嘉兴市重点科技创新团队1个。近5年来，我院教师在国内外各类学术刊物上发表论文411篇，其中SCI论文58篇，一级期刊论文50篇，获得国家和省级课题16项，市厅级科研项目63项。
医学院建有14872平方米、设备总价值2800万元的医学实验中心，中心下设形态学实验室、机能学实验室、临床技能实验室、药学实验室、大学生创新实验室（医学类）等5个教学实验室和1个嘉兴市医学生物学重点实验室。拥有数码互动实验室、模拟医院、多站式考试站等功能完备的临床技能训练实验室，配备有挪威、美国生产的智能化综合模拟人等先进的临床技能训练设施，可满足临床医学专业学生实验实训等需要。
学校现有4所甲等附属医院，6所教学医院、16所实习医院、5家社区（全科）教学和1家预防医学实践教学，可满足我院各专业学生的实验、实习等教学需要。
学院高度重视人才培养质量，包括学生自主学习能力的形成、临床分析性思维的建立、临床诊断能力的提高、从学生到医生的心理角色转换。2008年在临床医学专业部分课程中教学中开展了PBL教学方法的，2009年临床医学专业全面实施开展PBL教学。通过“大宽度、低强度、接力式”的连续、刺激和强化，促使学生能够尽早形成自主发现问题和分析、解决问题的思维习惯，并能够加以“固化”。自编《基础医学PBL教学案例》一书，在人民卫生出版社出版发行。
学院遵循“方正为人，勤慎治学”的校训，始终以人为本的办学，勤奋好学、开拓创新的学风，重视学生实践能力的培养。医学院学生科研立项数和CET4通过率在全校名列前茅；参加浙江省医学学科竞赛连续三届成绩名列全省医学院校前茅，获全国高等医学院校临床技能竞赛（华东赛区）三等；获“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛铜一项，浙江省“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛特等、一、二、三等；毕业生参加国家医师资格考试的通过率高于全国平均水平，2010、2011年分别高出全国平均水平的10.8%和5.6%；考取研究生的数量逐年递增，2012届毕业生中有40人考上并录取为硕士研究生。
根据学校“教学型、应用型、地方性”的办学定位和“立足嘉兴、服务浙江、联系行业、面向全国”的服务面向定位，医学院充分利用综合性大学的办学优势，遵循“医德为先，能力为重，面向基层，服务大众”的办学旨，培养具有良好的人文素质和职业素养，掌握扎实的专业知识和基本技能，具备初步临床能力、终身学习能力及一定创新意识的基层医疗，努力建设成为一所具有较高人才培养质量和良好社会声誉的、在新建本科院校中具有鲜明特色和一定优势的医学院校。
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